Introducción: El desarrollo de la investigación, como parte de los procesos formativos en la educación médica del siglo XXI, favorece la generación, difusión y gestión de nuevos conocimientos. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo en la Facultad de Ciencias Médicas de Holguín durante el primer semestre del curso escolar 2016-2017. Con el propósito de caracterizar las deficiencias en la confección del proyecto de investigación de estudiantes de segundo año de la carrera de Estomatología en el municipio Holguín. El universo de estudio estuvo constituido por los 62 estudiantes de la carrera, se tuvieron en cuenta para el estudio todos los proyectos de investigación realizados por estos como forma de evaluación del seminario integrador de la asignatura Metodología de la investigación y Estadística. Para la recogida de la información se elaboró un formulario donde se listaron aspectos propios del proyecto de investigación; se emplearon como métodos teóricos el análisis-síntesis e histórico-lógico; y empíricos, la observación científica, la revisión de documentos, en este caso, de los proyectos de investigación. Resultados: Las principales dificultades se centraron, en la mayoría de los casos, en la ausencia de antecedentes que condicionan la historicidad del problema, la redacción y formulación de hipótesis, en el diseño metodológico en cuanto a los métodos, procedimientos y técnicas para la recolección de información, su confección y aplicación, en el escaso dominio de las normas de Vancouver para el acotamiento bibliográfico el empleo de insuficientes fuentes para el tema abordado, desactualizadas. Conclusiones: Los estudiantes presentan insuficiencias en la confección del proyecto de investigación que repercute de forma negativa en su competencia investigativa y por ende con las exigencias sociales.